Поселение Новоселицы было основано украинскими казаками в начале XVII века. Первое упоминание о городе датируется 1635, в 1642 здесь была построена крепость и названа по речке Конотопка.

В 1659 под городом и его окрестностях состоялась Конотопская битва между татарско-казацким войском гетмана Выговского и российским войском А. Н. Трубецкого.

В 1782 Конотоп получил статус города. Был уездным городом Черниговской губернии.